序幕：死亡通知單Darker的案子暫時告一段落，羅飛(郭京飛 飾)所在的專案組已經解散。羅飛去警校任教，給學員們講解了Darker的案情：在一條偏僻的小巷里，一名女人遭到一蒙面的神秘人連捅數刀身亡，死者手法殘忍至極，羅飛經驗老道地對兇手的作案手法做了一一點評。從死者指甲斷裂的線索得到兇手作案時穿著雨衣，經過一番分析，最終得出兇手是一名左手虎口處有刀傷的漁民。羅飛的分析絲絲入扣，臺下的掌聲如雷。現場學員提出讓羅飛分享一下Darker的案情，卻引起了羅飛的心病，在他心里，Darker的案件并沒有完結。

羅飛看著同事穆劍云(甘露 飾)發來的郵件，他的思緒飛到了一年前。羅飛的未婚妻孟蕓在十多年前就已經去世，但在一年前調查Darker案件時，孟蕓卻意外現身，接著又神秘消失。羅飛一心想找到孟蕓的下落，于是他來到東南亞某國，在毛警司的幫助下見到了東南亞路島監獄的典獄長張海峰。羅飛請求張海峰幫忙安排他和薛天(梁大維 飾)見面。羅飛在張海峰的安排下得以和孟寒會面，羅飛想從薛天口中得知孟蕓的下落。薛天卻讓他假扮Darker，引孟蕓現身。羅飛聽從了薛天的建議，穿上Darker標志性的雨衣，穿梭在偏僻的小巷里。

暗黑者3海報

因果路案件：一早電視臺就報導了因果路發生肇事逃逸的新聞，被撞的段某當場死亡，肇事車輛被鎖定著名企業家云笙之子云天明的跑車。隨后云家的司機杜某去投案自首，但其中疑點重重，大家都懷疑云笙買通司機替云天明頂包。這時羅飛接到上司丁局的電話，死亡通知單再次出現，召他盡快回警局調查案情。

因果路案情引起媒體和群眾的高度關注，精英隊二隊長全力以赴，在現場勘察。這時羅飛突然出現，兩人一年多未見面，一見面就開始掐架。二隊長根據車禍現場的蛛絲馬跡進行分析，非常篤定地認為司機杜替云天明頂包。二隊長勸羅飛申請調到精英隊，并說羅飛的專案組已經解散，不要再游手好閑。羅飛卻說專案組隨時整裝待命，并當著二隊長的面給專案組組員打電話，不過組員們各自忙于自己的工作，對案情并不感興趣。二隊長見狀趁機大肆譏笑羅飛。丁局帶著羅飛和二隊長來到專門為專案組設置的辦公室。二隊長取笑專案組的辦公室形同虛設，這時音樂聲響起，專案組的組員們一一登場。丁局給大家介紹了因果路案情，并說將給他們派遣一名警隊精英協助他們辦案，二隊長立馬毛遂自薦，丁局卻故意支走他，他心里早有了合適的人選。羅飛不愿外人加入專案組，謝絕丁局的好意，但丁局堅持要給他們加派人手，態度堅決。

羅飛領命后，立馬給組員們分派任務，大家分頭行動。羅飛來到云笙家中想向云天明了解案情，卻受到云笙的阻撓。云笙三言兩語就打發羅飛離開，這時他突然收到一段視頻。短信內容是云天明被人綁住困在別墅浴缸里的視頻，浴缸的水龍頭被打開，只剩下十五分鐘的時間浴缸就被裝滿水，云天明命懸一線。云笙立馬向羅飛求救，羅飛以最快的速度趕往云家的別墅。途中遇到駕駛著摩托車趕去施救云天明的陸飄飄，陸飄飄和羅飛暗中較勁，你追我趕。羅飛拉響警報直接闖紅燈，終于趕在陸飄飄前面到達別墅。羅飛正準備讓手下去關水閘，這時陸飄飄趕到現場，她似乎對地形非常熟悉，徑直走向云天明被困的浴室，以最快的速度關閉水龍頭。羅飛不知陸飄飄身份，隨即拔出手槍指向她，命令她摘掉頭盔。

被獲救的云天明向羅飛介紹了陸飄飄的身份，陸飄飄是學犯罪心理學的，她告訴羅飛段某不是被云天明撞死的，當時云天明喝得爛醉如泥，不省人事，根本沒有能力開車，這其中另有隱情。羅飛在浴缸邊發現一張死亡通知單，悄悄地收了起來。隨后在水閘邊又看到另一張通知單，兩張通知單的筆跡完全不同。說明現場出現了兩個Darker，警方順藤摸瓜抓住了假Darker，經過審訊得知他只是替死者不平，出手懲治云天明。真Darker卻不知所蹤。

東南亞某國的路島監獄剛接受了一批重罪犯人，其中一名叫杭文治的犯人看起來文質彬彬，膽小怕事。他被監獄的黃教官安排到薛天的牢房，杭文治初來乍到，就遭到牢頭平哥等人的欺負。