建文四年六月十三，因為燕王朱棣(王學圻 飾)帶兵攻城，瞬間天地大變，南京城化成一片火海，所有人都著急著逃生。御史大夫景清在安排家人離開的同時，著急著見建文帝朱允文，想給朱允文指一條逃生之路，因為先帝曾讓劉伯溫留下了兩件法寶，他必須讓朱允文去取出來逃生。朱允文聽了景清的話，去朱元璋的畫像前，拿出了逃生的法寶，將自己落發為僧。朱棣攻下了南京城，成為了新一代君王，他于是改年號為永樂。朱棣想要登基為帝，特意要求侍講方孝儒給他寫一份登基榜文，可方孝儒不肯，當即就被朱棣給誅殺了。朱棣登基，屠殺建文伯臣，景清自知自己難逃一死，他只能在死前把自己的兩個女兒拜托給將軍孫愚。就在孫愚要護送景清的女兒之時，朱棣的屠殺開始，在一片混亂之下，孫愚無法帶走兩個女兒，只能抱走其中一個。朱棣想要讓他的孫子朱瞻基(朱亞文 飾)看到屠殺的這一幕，讓朱瞻基成長，于是讓他坐在大殿前看這場大屠殺，朱瞻基因此救下了景清的小女兒。宮里的女官胡尚儀看到了僥幸活下來的景清小女兒蔓茵，她本想將蔓茵送去浣衣局，可看到蔓茵可愛便留下了蔓茵，并將其改名為胡善祥(鄧家佳 飾)。蔓姝想要找到妹妹蔓茵，可那里已成一片廢墟，她沒有辦法只能跟著孫愚離開，從此與他相依為命。十年后，孫愚帶著改名為孫若微(湯唯 飾)的曼姝，以及其他對朱棣恨之入骨的人進了京城，想要刺殺朱棣報仇。孫愚策劃一切，準備在朱棣凱旋之際，將其誅殺，可沒想到盡管他安排得天衣無縫，可還是失敗了，因為朱棣并沒有乘坐自己的座架而歸。聶興(洛桑念扎 飾)是首當其沖的刺殺者，在刺殺朱棣之際，被當場擒獲，孫愚只能帶著傷心的孫若微離開現場。朱棣一回宮，就馬上把太子朱高熾(梁冠華 飾)和漢王朱高煦(俞灝明 飾)叫來見駕，生氣地怒罵了監國不利的朱高熾，讓朱高熾不知道怎么辦才好。朱瞻基見朱高熾被朱棣問罪，便小心翼翼地幫朱高熾說話，想要讓朱棣收回在城內大肆收捕的決定，可朱高煦卻不答應。朱棣見朱高煦想要兵權，便派兵給朱高煦，讓朱高煦放手去搜捕一回，讓朱瞻基聽了甚是疑惑。朱棣知道朱高煦所做的，是擾民之舉，并不會有什么收獲，但他故意要這么做，就是想要秘密派朱瞻基去調查此事，好把朱允文的余黨以及朱允文給找出來。孫愚把孫若微帶回了家，孫若微正為了那些跟她從小一起長大的聶興他們死于當場不值之時，朱瞻基帶人上門搜捕了。朱瞻基看到來開門的孫若微眼里帶著淚花，料定她哭過了，看到她如此懂行道地招呼著錦衣衛的人，讓他對孫若微甚是懷疑。孫若微借口，是孫愚病重又喝了酒，讓她很擔心，所以才哭的。孫若微找了理由之后，找機會走開，沒想到一個不小心踩到一根弩箭，她嚇了一大跳，差點就驚動了朱瞻基。朱瞻基看出孫若微是女扮男裝，也看到了弩箭，但他并不想識穿孫若微，只草草收兵，約孫若微去聽雨軒見面。朱瞻基剛回宮，就聽到朱高煦和朱高熾為行刺的事情爭論，他于是上前幫朱高熾，說明他被朱高熾派去查案，就想知道是否有人牽扯其中。朱瞻基說明了他的任務之后，便又要求朱高煦，把那個提前知道行刺計劃的密探帶來，給他審一審。