在海昌附近的某片海域，一個蛙人潛入39米深的海底，打開海底光纜，將一個特殊的裝置與光纜上的感應器連接起來;隨即，一束束電子信號快速傳遞出去。此時，境外間諜組織頭目彼得森的臉上露出了興奮的笑容，他宣布針對中國大陸的“水母計劃”已經啟動，并當場委任蛙人——代號“釣魚者”全權負責這一秘密行動，并在海昌建立起長期穩定的海洋信息情報站。　　我海昌市國安局偵察員鄭新民受命打入一走私團伙，不料在執行任務過程中突然與國安局失去聯系。情況上報到省國安廳，引起了省廳的高度重視。根據上級的敵情通報，結合海昌的實際情況，李廳長(巫剛 飾)緊急指令武梅(劉佳 飾)組成特別專案組趕赴海昌追查事件真相。　　與此同時，由海昌深海研究院研發的“深海之瞳”水下探測器即將隨“探索一號”工作船出海進行水下測試。聞聽此訊，境外間諜組織頭目彼得森緊急指令潛伏在海昌的間諜組織負責人王維韜(王志文 飾)派人隨船監視，以防止“水母計劃”中潛藏在我海域的情報搜集裝置——“水母”被我“深海之瞳”發現。　　此時，海昌的外商——環亞集團總裁蘇查班也找到王維韜，愿意出高價收買“深海之瞳”的研發情報。王維韜暗自慶幸，一手托兩家，里外都是賺。他打算派得力干將蔣巖隨“探索一號”出海，竊取情報。　　武梅專案組來到海昌后，搜索隊找到了鄭新民同志失蹤前遺失的手機，電腦奇才龐劍(墨陽 飾)很快便復原了該手機中一張陌生人的照片。根據這一線索，海昌局副局長孫克勤(姚剛 飾)迅速調動全城監控系統，很快鎖定了嫌疑人蔣巖的行蹤，并親自帶隊趕到蔣巖藏身的酒店進行抓捕。