僵尸國度第三季發生在僵尸病毒已經侵襲美國三年后，這個國家徹底成為僵尸的天下。沃倫團隊必須護送墨菲前往加州，研究抗病毒的疫苗。人類的命運掌握在墨菲身上，可他卻似乎隱藏了一個足以毀滅所有的秘密。

西裝革履的男人正在野外享受著午后的美好時光，他接了一個電話后便進入到一個房間里。這里面關著許多被蒙著面的人，隨后他駕車來到一所叫做仁慈的地方。這個地方見他走來，都舉著武器對著他。他說明來意，是要來找特勒博士。里面的人依舊不肯放行，男人只好設計綁走了一個小男孩。

僵尸國度第三季海報

小男孩被關在車上，車上還有一只僵尸。男孩與僵尸打斗起來，趁機逃了出去。一萬發現他并將他回去和沃倫幾人匯合。此時沃倫小隊正在緊張地對付一群氣勢洶洶的僵尸。小男孩趁亂跑開，躲在樹下看他們的對決。沃倫小隊十分勇猛，一會兒就將僵尸解決。

墨菲看到小男孩，便問他從哪里來。一萬表示是自己帶回來的，小男孩看到他們殺僵尸有些驚訝和害怕，他搶了一萬的一把槍就跑開了。幾人趕忙追上去，一萬撞到了一名身穿紅衣的女孩，兩人打斗起來。沃倫和多克上前阻止，女孩也放下防備告訴他們有個強人在尋找特勒博士的事情，而這名小男孩就是復仇天使。

沃倫小隊決定過去查看情況，女孩將他們帶到了一個小鎮上，那里都是僵尸病毒的幸存者。沃倫與特勒見面，特勒向沃倫說明了他們現在遇到的困境，并希望他們能提供幫助。但沃倫也直言他們也活的夠嗆，也許幫不上忙。特勒堅持，說可以給他們提供汽油和車輛。

屋外，小紅和一萬在聊天，一萬告訴小紅，自己要殺死一萬只僵尸。兩個年輕人相談甚歡，一萬對眼前有些兇巴巴的小紅動了心。墨菲抱著小露西，哄她睡覺。突然他發現四周有些不對勁。四下查看之后，他發現了一些東西。

強人又返回，逼他們交出特勒博士。沃倫謊稱自己就是特勒博士，隨后大家都站出來說自己是特勒博士。強人只好決定按照之前約定的時間再來一次，不然自己有的是手段找到他。

沃倫幾人與特勒商量著怎么應對強人，但他們還是不知道強人堅持要找特勒的原因時什么。特勒告訴他們，其實自己也不知道，他只是曾有一個研究室，研究新型疼痛藥。特勒召集所有能開槍的人，訓練他們將僵尸一擊斃命。他們去搜尋庫房，將一切能用來戰斗的東西都拿了出去。

墨菲將小露西哄睡之后，讓卡桑德拉看著她，自己出去查看那天發現的異常。他在一間房間里看到了很多奇怪的人，他們都被關在一個玻璃柱子里。他們向墨菲求助，那些詭異的聲音讓墨菲感到十分難受。沃倫趕來詢問這里發生了什么事情，墨菲表示博士在這里設置了僵尸受刑房，但似乎只有墨菲能聽到這些僵尸的話。

事已至此，特勒便將事情都告訴了沃倫他們。里面被關著的僵尸是特勒博士的妻子，她當時在研究一種快速生長的超級真菌，她因此變成了那個樣子。多克只覺這里十分復雜，他們得趕緊離開，墨菲也表示同意。但沃倫說這里有他們需要的汽車和汽油，他們可以幫助特勒暫時對付強人。

沃倫將他們的計劃告訴一萬，并安排他們進行巡邏。夜幕降臨，沃倫似乎發現了強人，并朝他開了一槍。可對方似乎并非強人，真的強人出現在她身后將她敲暈，并帶走關在之前有著很多蒙面人的地方。

多克幾人發現沃倫被抓，便想法設法全力營救。強人按照約定的時間，將沃倫帶到了小鎮，多克上前與其交涉。小男孩悄悄離開救下了沃倫，強人知道后放下來一卡車了僵尸。經過一番苦戰，他們將幸存者全部轉移了出去，但特勒卻被強人抓住。

小男孩被一只僵尸緊隨，幸好一萬及時出現救了他。隨后一群僵尸沖了出來，追著他們不放。五千突然就不見了，待一萬找到他時，他已經死了。那些被抓的人也已經重見天日，其中就有西蒙。