荀皇后(梅婷 飾)命令京兆府尹李固對疫情稟告視而不見。赤霞鎮有人發病，大夫讓稟告官府，李固按下。林奚(張慧雯 飾)聽聞災情趕去赤霞鎮救治。官兵封路，林奚一行人無法出城。蕭平旌(劉昊然 飾)到扶風堂找林奚，聽說她去了赤霞鎮未歸，便前去尋她。

找到林奚以后看到災情嚴重而官府態度異常，立刻回京要稟告內閣，在途中碰見了辦事回來的蕭平章(黃曉明 飾)。兄弟二人揪著李固將災情之事告知荀白水(畢彥君 飾)，荀白水立刻著人查辦。二人走后，李固以為荀白水和荀皇后是同謀，便將事情全盤托出。

荀白水震怒進宮質問皇后，得知幕后之人是濮陽纓(郭京飛 飾)。一面派人查封乾靈觀，一面急召太醫會診。金陵城內已有人發病，太子亦染病不起。太醫院查出此疫與三十年前夜秦國所發生的極為相似。當時夜秦疫情失控，先帝無奈下令長林軍封住夜秦到大梁的通道，保住大梁子民。

疫情過后，夜秦王族無一幸免。扶風堂黎老堂主回到金陵，也判斷出此疫與夜秦瘟疫病癥相似，讓人按以前的配方抓藥給危重病人試用。為免疫情擴散，荀白水尋得蕭平章的支持，下令封城，并發誓攜妻兒老小與全金陵百姓同在，控制住了大局。