1945年日本正式投降，盟軍總司令部和遠東軍事法庭日以繼夜的大規模搜查和甄別日本戰犯，東京大審判成為戰后最為重要的事件之一。為安全引渡戰犯來華受審，軍委會高參董玉清(修宗迪 飾)被任命為負責該項特大任務的總督察，而與他宿有嫌隙的國防部軍法司司長鐘杞達(白志迪 飾)，則被任命為總指揮。

負責安全轉運戰犯資料的馬昀飛(于震 飾)，在運送途中卻突遭恐怖分子襲擊，押送隊員全部陣亡。萬分危急之下，馬昀飛憑著矯健的身手和過人的膽識，從戰火中及時搶救出存有戰犯資料的保險箱。但當董玉清打開保存完好的保險箱時，卻并未發現那本關鍵的日記本。董玉清授命馬昀飛暗中秘密調查日記本的下落。

馬昀飛無疑是此次負責押運戰犯的特勤小組組長的最佳人選。然而，國防部軍法司二處處長白迪夫(鄭強 飾)向鐘杞達秘密報告：關于剿共計劃的629絕密文件失竊，而馬昀飛恰是嫌疑人之一。鐘杞達堅決反對馬昀飛擔任特勤小組組長，而一向把馬昀飛當作心腹的董玉清言辭厲色表明立場——組長非馬昀飛莫屬。

日本東京遠東軍事法庭，日本戰犯原K師師長石巖夫(劉文治 飾)正在為他犯下的累累罪行接受正義的審判。為查清日記本的藏匿地點，馬昀飛只身飛往東京，伺機潛入東京帝國檔案館的檔案密室。突然，一黑衣人也偷偷溜進密室，盜取了巢鴉監獄結構圖。兩人密室發生爭斗，無意中按響了警鈴。