在上古時期，仙界的元始天尊和靈寶天尊為了發展自己的勢力，各自成立了闡教和截教，并在人界傳道布教，扶持代理人。很快，雙方人馬便爆發沖突，幾千年來一直摩擦不斷，終于在人界引起一場曠世大戰，俗稱“封神之戰”。封神之戰，闡教勢力大獲全勝，但是元始天尊的終極神器“打神鞭”卻在戰后銷聲匿跡，再無音訊。3000年后，“打神鞭”的下落重現于世，線索直指人間，為了找到“打神鞭”，闡教勢力在人間成立了“特殊事件管理局”（特管局）。特管局的成立并沒有表面看上去那么簡單，似乎隱藏著巨大的陰謀。而截教的殘余勢力也成立了“造神研究所”，暗地里勾結妖界，研究人妖結合的終極力量，只為東山再起。《三魂紀》的故事序幕由此展開。

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