某個漆黑之夜，日本警察內部遭間諜侵入。英國的MI6（英國陸軍情報六局，即軍情六處）、德國的BDN、美國的CIA（美國中央情報局）等各國情報機關，甚至FBI（美國聯邦調查局）的機密數據都被竊取。千鈞一發之際，安室透率領公安警察（公安調查廳）及時趕到。間諜奪車而逃。安室與其在高速公路上進行了激烈追逐，就在其它車輛也將被牽連其中而釀成慘案的瞬間，間諜的車被FBI赤井秀一的來福槍子彈擊中，從公路上墜下。第二天，柯南一行人到東都水族館游玩。剛剛翻新的水族館盛況空前。在其特色賣點巨大摩天輪之下，柯南發現了一名獨自站在那里的外表端莊秀麗的受傷女子。定睛一看，她左右眼虹膜的顏色是不同的，即俗稱的“OddEye”。可是，女子已是連自己的名字也不記得的失憶狀態，所帶的手機也已損壞。柯南等人商定幫助她找回記憶，就這樣與她一同行動。而這被貝爾摩德在暗中從頭至尾監視著。隨后貝爾摩德拿出了消音器，對著身上的通信器說道——“我也有這個打算哦，琴酒。”

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