住在真新鎮的少年小智，迎來了能獲得寶可夢訓練家資格的10歲生日早晨。對從未見過的寶可夢，與從未見過的世界感到憧憬的他，應該到大木研究所領取要成為自己伙伴的寶可夢，可是小智睡過了頭，等他抵達時只剩一只不喜歡人類的皮卡丘。“你是不是很討厭我？可是，我很喜歡你哦！”盡管兩人有過沖突，卻也慢慢建立起友誼。外出旅行的那天，他們看見傳說的寶可夢——鳳王在天際翱翔。小智與皮卡丘拿著虹色之羽立下誓言——“總有一天，我們會一起去見它！”于是小智，為了成為世界第一的寶可夢大師，和皮卡丘一起展開了旅程。他們在途中遇見訓練家誠子以及宗次，并聽到了有關鳳王的傳說。“受到虹色之羽的引導，見到鳳王的人，就會成為彩虹勇士。”在不知何時潛入小智影子里的神秘寶可夢——瑪夏多的引導下，小智一行人前往鳳王棲息的天青山，此時卻出現了一名強敵。他們倆是否能見到鳳王！？為了實現啟程那天所立下的誓言，兩人現在即將展開成為“真正的伙伴”的冒險！

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