在不久的將來，不論網絡如何先進，政治分裂和人種差異仍然存在……一名叫代田的男子向蓋佛共和國（Gaffleepublic）的外交官提出政治庇護的要求，遭到日本外交部下屬的六組（談判組）組長的反對當六組正在和該外交官交涉時，九組的上校從天而降，擊斃了外交官。實際上這是幫的六組的忙。因為代田是外交部的一項名為2501計劃的主要設計者，而該計劃現在出了問題，六組自然不會放他到國外而泄露秘密。2501計劃—即“PuppetMaster”，中文稱作“傀儡王”，是外交部用來消滅異己的工具。他象一個病毒，安裝程序在特定的Ghost之中來控制他人，以達到外交部不可告人的政治目的，所以稱為PuppetMaster。然而傀儡王在穿越網絡的過程中漸漸察覺他自己的存在，產生了自我的意識，對六組來說就是失控了，所以六組很著急將他抓回來。擊斃蓋佛共和國的外交官的上校是麥格公司制作的帶有人腦細胞的機器人，是九組的特工人員，同在一起的還有巴特和一名由警署調來的德古沙，后者是九組除了組長以外的唯一一個基本保持原有身體的人。正當外相和蓋佛共和國就要舉行密談的時候，PuppetMaster侵入了外相的翻譯…

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