一天，宇宙開發中心的上空發現了來歷不明的太空母艦，一名神秘女子出現，隨后城市受到了外星機器人的襲擊。高斯奧特曼及時出現打敗了外星機器人，結果又出現了2臺外星機器人，高斯陷入危機。武藏看到高斯陷入危險，主動與高斯合體，利用技能讓2臺外星機器人停止行動。就在此時杰斯提斯奧特曼忽然出現，他不但啟動了兩2臺外星機器人，并且還和2臺外星機器人聯手殺死了高斯。\r\n這名神秘女子來到地球不是為了維持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消滅！為了自救，世界各國想盡所有辦法去解決眼前的危機。地球即將毀于一旦，大家沒有一點辦法，除非奇跡出現。然而，武藏的親人和隊友任堅信高斯和武藏還未死去，他們四處奔走尋找，希望奇跡真的能夠出現！

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