在《數碼寶貝》冒險的3年后，數碼世界又隨即開始出現新的危機，為此而出現了新的被選中的孩子來拯救這個世界。除了高石武和八神光外，原本被選中的孩子們都進入了中學，他們不能再長時間地守護數碼世界和他們的數碼寶貝伙伴。某日，一位自稱暴龍改造者的少年突然出現攻擊數碼寶貝，還利用黑暗螺旋環和黑暗塔企圖控制數碼寶貝們，妄圖占領數碼寶貝世界。在他的處處逼迫之下，數碼寶貝迫于無奈展開戰斗。新一代被選中的孩子們共3個，他們分別是本宮大輔、井上京和火田伊織，另外還有高石武和八神光繼續參戰。他們每個人都獲得一臺新的神圣計劃——“D-3數碼暴龍機”，他們以此通過電腦進入數碼世界，另外一個用處是“裝甲進化”，只要使用數碼裝甲就可以讓他們的數碼寶貝即使在黑暗力量的控制下，也可以完成進化.....

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