幼時曾深陷絕望深淵的直枝理樹，與4位少年少女相遇了。在那之后數年，理樹作為Little Busters的一員，喧鬧地過著快樂的每一天，“這樣的時間能夠一直持續就好了”理樹所期望的只有這樣。某日，恭介突然表示要成立一支棒球隊伍，理樹則開始了尋找成員的任務。在這樣的過程中，理樹邂逅了新的成員們，和大家一起參加試膽大會，潛入女生宿舍時被換上女裝，一起演人偶劇……。經歷了許多快樂的事情，同時也在大家的幫助下解決了各自擁有的煩惱。在最后在棒球比賽中，理樹確認了和最好的朋友們之間的牽絆。然而，這并不是結束，和來谷唯湖之間的故事，理樹與鈴的故事，以及理樹和鈴終于知曉的“世界的秘密”。Little Busters真正的物語，自此開始。

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