20世紀(jì)末，世界各地的天才少年組成了一個(gè)名為"煉金之星"的組織，其成員之一的高山我夢(mèng)作為"XIG"的一員，靠大地給予的紅光變身成蓋亞·奧特曼后，投入了同CRISIS計(jì)算機(jī)所預(yù)測(cè)到的"根源性毀滅招來(lái)體"進(jìn)行的誓死決戰(zhàn)中；另一方面，已脫離"煉金之星"的"藤宮博也"堅(jiān)定地認(rèn)為：對(duì)于地球而言，人類才是真正的癌細(xì)胞。他憑著"藍(lán)光"的威力，變身成與"蓋亞"相對(duì)立的"藍(lán)色奧特曼--阿古茹·奧特曼"。作為日本平成年度奧特曼三作品的壓軸戲，蓋亞·奧特曼其最大的變化在于"蓋亞和阿古茹"這二個(gè)敵對(duì)、且都為地球人出生的"人類奧特曼"的登場(chǎng)。當(dāng)然，他倆的戰(zhàn)斗場(chǎng)面也屬前所未聞。同時(shí)，二人的對(duì)立觀點(diǎn)貫穿前半段，因此前半段貼近于連續(xù)劇。

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