Clark被Zod流放到Jol-El設計的監獄“Phantom Zone”，遇到了Jol-El的助手Raya。Raya將Jol-El留給自己刻有S標志的水晶石交給Clark，并告訴Clark當初Jol-El設計監獄的時候因擔心會有El家族的人被關進監獄，專門遺留了后門，只有El家族的人才可以打開。在Raya的幫助下，Clark通過后門離開了監獄，但也將監獄里的幾個罪犯帶到了地球。Martha從墜毀的飛機里醒來，發現自己和Lois來到了北極Jol-El的堡壘。在堡壘里，Jol-El告訴Martha，因為Clark沒有殺死Zod的肉體Lex，導致Zod將病毒釋放到地球。Martha答應Jol-El代替Clark殺死Lex，而Jol-El承認自己對Clark的教育是失敗的。 在大都會，Lionel Luthor從暴民手里救走了Chloe，把Chloe留在星期日報后Lionel試圖到Kent農場取回Clark飛船里的鑰匙，試圖用鑰匙制服Zod，恰好遇到從北極返回的Martha。Chloe躲在辦公桌下試圖通過自己收集的資料尋找Zod的弱點，遇到了自己中學時代實習時的“小朋友”Jimmy Olsen。 與此同時，Zod將Lana帶到Lex的城堡，試圖利用Lex的電腦控制五角大樓的衛星，將地球改造成自己的Krypton。Lana意識到Zod控制了Lex的身體，試圖阻止Zod，不料Zod殘忍地用利劍刺透手掌釘在了墻上。Lana強忍傷痛來到Kent農場，將當是Clark和Chloe試圖殺死Lex的事情告訴Martha和Lionel，并接過Martha從Jol-El堡壘帶回的匕首。 在衛星的作用下，大都會和Smallville陷入地震，正當Martha和Lionel遭遇危機的時候，Clark即時趕來。Martha將Zod的行蹤告訴Clark，Clark急忙向Lex的城堡趕去。Lana假裝和Zod親近，試圖趁機刺殺Zod，不料被Zod識破。千鈞一發之際Clark趕來和Zod發生大都。Zod試圖控制Clark，而Clark運用智慧將Raya交給自己的水晶放到Zod手掌，將Zod逼離Lex的軀體。 在Smallville的醫院，Clark看望蘇醒過來的Lois，兩人的手握在了一起。Clark來到星期日報后看到了Chloe的朋友Jimmy，內心感到失落。回到Kent農場，Clark將自己的感受告訴Martha，Martha安慰Clark只要按照自己的想法去做，就會做出正確地選擇。Clark開始思考自己未來的角色。