一九四零年秋，由于國民黨軍統局諜報人員侯坤的變節與叛變，軍統局上海諜報站遭到了日軍的血洗。侯坤帶著日本人去抓軍統上海站的副站長萬木林(王慶祥 飾)，光哥收到了組織上的消息要除掉近日即將抵達上海的大漢奸鄒博庵，光哥看到了之后問那個送情報的人他們都跟組織上失去聯系這么長時間了，這情報是哪里來的。

這時候光哥發現了有兩個人發現了他的偽裝一直在跟蹤著他，隨后他讓那個人坐下來要給他拔牙假戲真做。漢奸看光哥真的是個拔牙的大夫不像是共產黨之后就走了。萬木林在被抓捕逃跑的時候崴了腳剛好遇見了騎自行車經過的光哥，光哥讓他坐上了自行車帶著他逃走了。

佐藤帶著人沒有抓到萬木林回去之后收到了將軍的嚴厲責罵，他限佐藤三日之內一定要抓住萬木林。萬木林給軍統局發電報說了侯坤變節的事情，請求火速支援重組上海站，顧雪峰(李竹 飾)被任命為軍統上海站站長，李鳳凰(韓雪 飾)，周海萍(魯冠廷 飾)，歐陽琴和齊玉環(邱楓 飾)這四個人也被調到上海。他們要組建軍統站在上海的十三釵隊伍，啟動僵尸計劃，激活那些長期潛伏的僵尸，繼續執行蔣委員長下達的鐵血鋤奸計劃。

鄒博庵抵達上海火車站之后歐陽琴率先開了槍準備刺殺，李鳳凰帶著周海萍和齊玉環掩護撤退的時候李鳳凰被光哥救了一下。武田(張光北 飾)將軍回到六國賓館跟鄒博庵見了面，說讓他受驚了。李鳳凰回去之后問歐陽琴為什么要提前開槍，她說現在不是沖動意氣用事的時候，一定要以大局為重。

代號十三釵海報

隨后李鳳凰給她們三個人制定了計劃，晚上的時候她們四個人去教堂跟萬木林見了面，萬木林說她們是軍統特工不是江湖女俠，她們這次已經打草驚蛇，會影響下一步的行動計劃。李鳳凰晚上暗殺了日本行動隊長佐藤，武田將軍任命宮野為日軍特工行動隊的隊長。

宮野讓侯坤去賭博準備引出軍統暗殺他的人趁機一網打盡，光哥在賭博的時候遇見了李鳳凰，光哥告訴自己妹妹叮當說一會兒讓她早點回家等著自己。隨后光哥走到了李鳳凰身邊說了一句人生何處不相逢。光哥又救了李鳳凰一次，晚上光哥在回家的時候被李鳳凰給綁了回去。

萬木林先是踢了光哥幾腳掀開了他頭上的麻袋之后發現時光哥，萬木林一下子慌了神，光哥劈頭蓋臉的罵了萬木林一頓。隨后萬木林給李鳳凰說這光哥是他的救命恩人，晚上萬木林跟光哥喝醉了酒結為了兄弟。第二天光哥把萬木林他們帶到了自己租的地方讓他們落腳安身。