奧利弗和約翰想方設法尋找惠美子。在抓捕維吉爾時，意外阻止了一次秘密交易。雖然維吉爾和交易人逃之夭夭，但截獲了一塊天眼會的加密硬盤。正與阿萊娜全力修復“弓箭手”的費利西蒂百忙中抽出時間破譯，卻一時大意，被硬盤內的保護程序銷毀了全部文件。費利西蒂定下心細細檢查，發現加密協議并非來自天眼會，而是屬于國防情報局的技術。國防情報局的斯圖爾特將軍是約翰從未提起過的繼父。將軍對到訪的奧利弗和約翰很熱情，卻明確拒絕提供任何線索。就在奧利弗要弄清楚第九層想獲得什么情報時，維吉爾帶領手下洗劫了費利西蒂和阿萊娜的工作室，搶走保存在平板電腦內的“弓箭手”核心代碼。幸好國防情報局的特種部隊出手，二人才平安無事。斯圖爾特將軍光臨地堡。幾個月前他就收到消息，天眼會里有第九層的奸細，所以才會派人跟蹤，恰巧救下了費利西蒂和阿萊娜。被銷毀硬盤里是情報局派出去執行最高機密任務的人員名單，第九層搶奪弓箭手項目很可能是為了找到他們，獲取任務情報。將軍著手安排撤離行動。所有情報人員都已取得聯系安全撤回安全屋，除了一名臥底特工朱利安。當奧利弗、黛娜和雷內沖進朱利安的公寓才知道他正在執行任務，所以不能回復，可現在全搞砸了。另一邊，約翰陪斯圖爾特趕到安全屋，卻正了維吉爾設下的埋伏。這根本是一個精心布下的陷阱，目標正是斯圖爾特將軍。在一間倉庫內，任憑維吉爾百般折磨，斯圖爾特將軍只報上自己的名字和番號，其他一概不說。可當維吉爾轉向約翰時，老將軍實在不忍心，只能說出天鵝座X1項目的提取密碼。該計劃是一個失敗的改造細菌基因項目，原計劃讓細菌能夠降解核廢料，但意外產生一種在常溫下能分解一切東西的超級細菌。目前項目已經中止，資料被封存，超級細菌樣本被冷冰在連將軍都不知道的地方。奧利弗等人追蹤約翰頭盔發出的信號，救出約翰和將軍。現在第九層有了項目資料，再結合“弓箭手”，就能定位實驗人員，進而找到細菌的存儲地點。費利西蒂想到可以反追蹤“弓箭手”的信號，她也同樣意識到，“弓箭手”在保護星城的同時，還可能被壞人利用造成不可想象的破壞。定位到第九層意圖襲擊的軍用倉庫后，綠箭小隊立刻出發。但暴露在“弓箭手”的監控之下，令他們處處受制，失去了突襲的優勢。黛娜四下放置多部信號放大器，費利西蒂和阿萊娜想盡各種辦法攻擊第九層的防火墻都失敗，無法取得“弓箭手”的控制權。約翰、雷內和黛娜匆匆撤退，費利西蒂毅然決然的啟動了“弓箭手”自毀程序，絕不能讓自己的心血助紂為虐。此時的惠美子已不在意有無“弓箭手”，反正超級細菌已經到手。就在她要離開時，奧利弗從暗處現身，告訴她但丁才是殺害和美的幕后黑手。看著惠美子和但丁一起逃走，沒人知道惠美子是否相信。實際上惠美子的確相信奧利弗的話，回到基地就射殺了但丁，但這并不能阻礙她執行計劃的最后一步。