1933年抗日戰爭爆發前夕，華北形勢告急，故宮博物院決定將館藏精品轉移，以避戰火浩劫。自此之后的15年中，近百萬件故宮文物歷盡艱辛坎坷，行程數萬公里，由北京經上海、南京輾轉運抵四川。四川重慶，成群的學生在街小游行，要求政府抗擊日寇，還我河山。軍統抓獲了云海后進行逼供審訊，云海的真實姓名是王全林(畢彥君 飾)，他是中共重慶地區地下黨的聯絡人，軍統還抓獲了王全林的女兒珍珍，他在一旁都看到了，他已經被捕五個小時，面對軍統的威脅王全森只好說出一些情報。葉釗(富大龍 飾)在咖啡廳和從延安來的同志接頭時發現有特務，他們急忙逃走，他在掩護葉釗時被特務開槍打死，邱同(石維堅 飾)開車將葉釗接應走。

密戰峨眉分集劇情介紹大結局

邱同和葉釗逃走后懷疑有內奸，邱同讓他去聯絡站找云海，葉釗向王全林說起接應之事，王全林已經叛變，葉釗還不知情。邱同在開會時對葉釗召集眾人開會表示質疑，他們發現可疑人員后急忙徹離，但發現有特務守在門口。葉釗帶著邱同離開時邱同胳膊受傷，葉釗讓邱同藏好，他將特務引開。王全林向軍統匯報說延安來的特派員跑了，他不知道朝天門死人的身份，只清楚特派員叫邱同，邱同來重慶只是路過，他的目的地是峨眉山。

邱同懷疑名單上的同志可能犧牲不少，他安排任務給葉釗，掩護身份是文物店的老板，要以南京文物專家張金石的身份潛入峨眉山的大佛寺，張金石不僅是文物專家，還是被日本人收買的漢奸。邱同讓葉釗不要相信任何人，葉釗要尋找那些失散的文物并查出大佛寺的內奸。王全林見到邱同后向他問起來重慶的任務，邱同稱任務的紙條已經燒毀，他知道王全林掌握著很多同志的聯絡方式，王全林面對質問拿槍指住了邱同。

日軍得到消息稱從北京故宮轉移的七千箱寶藏就在四川峨眉山之中，他們也想得到它。峨眉山大佛寺的王教授在造冊文物時突然倒地身亡，柳營長趕到后想打開時被拒絕，但他還是強行打開，他向人問起王教授死亡前的情形，專家解釋可能是神鬼因素所致，柳營長讓他們暫時不得與外界取得聯系。峨眉縣沈敬齋(劉衛華 飾)縣長準備把專家王教授的死上報為自然死亡，他得知有新的文物專家過來就放心了。

柳絮飛(姬晨牧 飾)看到字條后讓人追回那封信，他看到信后了解了王懷古死前的想法。軍統聽說過中共有代號云豹的特工，王全林懷疑邱同可能是云豹，邱同被捕后啥都沒交待，他沒想到云海會叛變，軍統沒得到有價值的線索就開槍打死了邱同。葉釗按邱同的命令以張金石的身份趕往峨眉山大佛寺。大佛寺的日本特務正在執行龍脈計劃，王懷古沒和他們合作。沈婕(高洋 飾)回到家后沈敬齋很高興，他送給她新衣服，她沒想到報紙上的文章很快就發表了，沈敬齋擔心她的安危。