兩年前，杜正宇在做CT掃描，檢測出腦部患病。覺得時日不多的杜正宇，通過那個黑衣女子，發現了白夜村事件官方確認的七名幸存者中，還活著的兩個人。但其中一名叫金善玉的女子，在飽受被人追逐，又精神病院折磨以后，當又一批人來找她的時候，她在杜正宇面前自殺了。杜正宇在一次辦案中，看到與歹徒奮勇搏斗，打得對手落花流水的孔慧媛。在她身上感受到一種自己也不明確的東西。于是在組建特搜隊的時候，他不顧黃炳哲(金元海 飾)和女部長的反對，堅持讓孔慧媛加入。直到杜正宇發現，孔慧媛的父親是白夜生物科技的所長孔一道博士，他才明白自己當初的感覺是什么。也因為這樣，他不僅拒絕了孔慧媛的感情，還想把她調離。但此時此刻，杜正宇只能作為生病的嫌犯，躺在醫院病床上，他被診斷為腦軟化癥。杜正宇的病房外守著兩個警察，病房內，孔慧媛難過地守著他。杰米來看杜正宇，見他正在昏睡狀態，勸旁邊傷心的孔慧媛去休息一下，然后自己就離開了。孔慧媛走出病房，到洗手間平復一下情緒。就在這時，病房外的警察忽然接到命令，要他們下樓集結。兩個人急忙離去。而這時一名殺手乘機進入杜正宇病房。殺手試圖殺死杜正宇，卻被杜正宇反殺。但在搏斗時突然仿佛有人控制了他的腦電波，讓他頓時無力，以致也受了傷。雖然還是干掉了殺手，但杜正宇明白此地已不安全，他喬裝離開病房，正發現有更多的殺手趕過來。他急忙隱藏起來。這時孔慧媛走出洗手間，正要去病房，被杜正宇拉住。兩個人跑下樓梯，殺手發現后圍追堵截。在與殺手一番搏斗后，杜正宇和孔慧媛逃出醫院，但孔慧媛隨即給杜正宇戴上手銬，要帶他回警察廳。警察廳正一片忙亂，尋找不見了的杜正宇。杜正宇失蹤的消息也被那些殺手報告了他們的老板，那就是吳正煥(金太祐 飾)，他還得知，是孔一道的女兒和杜正宇一起逃掉的。警察廳正混亂，杜正宇卻和孔慧媛回到了這里。在審訊室里，杜正宇一副痛苦的樣子，請求孔慧媛給自己解開手銬。孔慧媛心軟幫他打開手銬，沒想到杜正宇反過來就把孔慧媛銬起來，自己離去。發現杜正宇又逃了，警察廳又開始在自家大樓內大肆搜索他。杰米判斷，杜正宇是故意任由孔慧媛逮捕他，為的就是返回警察廳。他為什么這么做？只能是要找他留在這里的什么東西。特搜隊兵分兩路。杰米和孔慧媛去女部長辦公室，因為杜正宇第一次消失的時候，女部長就命令把杜正宇留在警察廳的個人物品統統收繳，那些物品此時就堆放在部長辦公室。張志苑和尹碩弼(崔大哲 飾)則去網絡部門，杜正宇的一臺筆記本電腦被送去那里。可是網絡部門負責人之前跟特搜隊結了梁子，此時借故推三阻四。好不容易要松口，卻又忽然接到一條手機信息，這負責人看過之后，立刻把張志苑和尹碩弼趕出門去。然后他自己拿著一把刀出門去了。杰米和孔慧媛偷偷打開部長辦公室的門鎖，進入搜尋。杜正宇隨后也來了，三個人又發生對峙。這時女部長回來，杜正宇、杰米、孔慧媛趕緊躲起來。等女部長離開，孔慧媛把自己和杜正宇銬在一起。杰米這時質問杜正宇到底知道些什么？杜正宇這時卻偷了孔慧媛的手銬鑰匙，打開手銬，又把孔慧銬在桌腿上。這時能幫孔慧媛的只有杰米。可是杜正宇對她說白夜村的事你想知道答案嗎？給我五分鐘。杰米和杜正宇達成交易，放他離開。杜正宇來到外面，卻遭遇了那個網絡負責人，兩個人搏斗起來。杜正宇仿佛又被腦電波干擾，全身無力，被負責人刺了一刀。這時杰米和孔慧媛趕來，負責人才離去。杜正宇帶傷逃跑，來到了那個地下制藥廠，倒在那個小時候救過他的老頭面前。