1945年日軍投降投降儀式在南京舉行。程慈航(喬振宇 飾)身負血海深仇回到故土，他知道幾年前殺害心上人小玉的兇手中田(任大為 飾)等人必定在南京城內?；疖囌?，各路人馬暗流涌動，程慈航看到了拎著神秘箱子的小野，不顧一切地追了上去。此時，警察廳長莫采石(巫剛 飾)下令一定要搶到那只神秘的箱子，對任何阻攔者均格殺勿論。就在程慈航快要制服小野時，警察歐陽倩(安以軒 飾)和關天平(司源 飾)趕到，小野逃跑，箱子被一雙神秘的手拿走。

程慈航被當作外國間諜壓上卡車，帶到郊外準備處死。歐陽倩覺得程慈航似乎不是奔著箱子而去，而是拿著箱子的日本人。歐陽倩等人去郊外尋找程慈航，恰巧遇到成功脫逃正在林中喝水的程慈航。程慈航被帶上警車，他很好奇為何歐陽倩和小玉長得如此之像。

莫采石將火車站眾人爭奪的箱子存進中央博物院的青銅館，告訴青銅館的肖主任，此乃關于日軍生物武器的絕密資料，現命名為五九檔案。

程慈航說自己是莫采石的侄子，無人相信。在獄中，程慈航聽到了一樁離奇的車夫殺人案。飛賊許老二和徒弟斷指收到情報，連夜去青銅館順利盜走五九檔案。警察署署長霍然(屈剛 飾)召集劇情介紹所有警力全力以赴尋找?；羧缓鋈幌肫鹆艘粋€破案高手--程慈航。