柯特被特勤局帶往地堡，聲稱是為了國(guó)家安全，而在那里柯特見到了許多他認(rèn)識(shí)的重要人物，均被控制在地堡內(nèi)。柯特看到眼前的一切，認(rèn)為謝培德真正的計(jì)劃，就是將他們困在地堡里，而她則要進(jìn)行大規(guī)模的襲擊，以建立新的美國(guó)政府。柯特將自己的想法告訴基頓，說服基頓跟他一起離開地堡，以阻止謝培德即將開始的大規(guī)模襲擊。基頓想通知在場(chǎng)的其他人，可柯特卻因?yàn)樯潮┙M織無處不在，他實(shí)在不知道誰是可信的，他不能冒這個(gè)險(xiǎn)將這件事說出去。柯特和基頓剛找到一部原始總機(jī)，好不容易接通了帕特森的手機(jī)，可沒想到剛說了一句話，就被人給發(fā)現(xiàn)了。柯特和基頓聯(lián)手制服了發(fā)現(xiàn)他們的守衛(wèi)，然后拿走他的門禁卡，逃出了地堡。帕特森根據(jù)柯特的提示，跟里德他們一起商量，謝培德接下來的計(jì)劃，突然想到因?yàn)樽蛱斓谋ǎ讓m齊集了所有領(lǐng)導(dǎo)人，謝培德可能要炸的是白宮。帕特森有了猜想之后，才想起了與昨天爆炸的炸藥有關(guān)的扎克，于是將他逮捕審問。在扎克還沒有坦白之前，柯特和基頓便回了FBI，柯特這時(shí)才知道，謝培德手上還有之前她在曼谷搶來的核原料。正當(dāng)柯特安排組員深入調(diào)查之時(shí)，扎克說出了謝培德要發(fā)射導(dǎo)彈的事情，帕特森才明白謝培德的目標(biāo)并不是白宮，而是要將整個(gè)東海岸夷為平地。帕特森左思右想想到了一個(gè)辦法阻止謝培德發(fā)射的導(dǎo)彈，并在新代理局長(zhǎng)埃莉諾的幫忙下，找到了兩個(gè)太空專家?guī)兔Γ笏麄冊(cè)O(shè)法利用在太空上的聯(lián)盟號(hào)入侵謝培德的導(dǎo)彈，以達(dá)到控制的目的。薩帕塔得知了沙暴組織還有行動(dòng)，她只能拔掉注射管回到FBI幫忙，柯特于是讓薩帕塔和基頓一起監(jiān)控謝培德的行動(dòng)，助柯特他們搶回核原料。帕特森與太空專家的配合之下，雖然沒辦法阻止導(dǎo)彈，但給帕特森爭(zhēng)取了六分鐘的時(shí)間。柯特他們攔住了謝培德的車，正準(zhǔn)備讓謝培德繳械投降之際，謝培德的另外兩名殺手在外側(cè)偷襲他們，打他們一個(gè)措手不及。謝培德在襲擊之時(shí)，想要逃跑，最終還是被柯特給打中一槍，被逮捕了。在謝培德被逮捕的同時(shí)，帕特森阻止導(dǎo)彈發(fā)射失敗，導(dǎo)彈已經(jīng)成功發(fā)射，并在30分鐘后成功降落國(guó)會(huì)大廈，而現(xiàn)在唯一能阻止的方法，就是將信標(biāo)找到，將導(dǎo)彈改向海洋降落。在謝培德身上沒有找到信標(biāo)，柯特便想自己一個(gè)人開著整車核原料去處理，而此時(shí)帕特森告訴他們，真信標(biāo)還在使用中，并沒有被銷毀。柯特讓簡(jiǎn)開車離開，而他則在車?yán)飳ふ倚艠?biāo)的下落，就在柯特發(fā)現(xiàn)信標(biāo)在謝培德的肚子里時(shí)，羅曼開著警車襲擊他們，引發(fā)了車禍。車禍之后，柯特因?yàn)榫薮蟮恼饎?dòng)受了傷，此時(shí)他才發(fā)現(xiàn)車上的心肺振動(dòng)器，于是利用這個(gè)電擊謝培德，才最終將謝培德肚子里的真信標(biāo)銷毀，讓導(dǎo)彈誤信帕特森設(shè)的假信標(biāo)而投向大海。簡(jiǎn)與羅曼搏斗一番之后，還是狠不下心殺死羅曼，只能讓羅曼離開。柯特想要攔住羅曼，卻因?yàn)槭軅麖能嚿纤ち讼聛韼缀跻獣炦^去，所以沒能攔住羅曼，而他在昏迷前向簡(jiǎn)表白，要求簡(jiǎn)不要離開他。（本季終）