黃飛鴻(鄭愷 飾)拼死保阿妹清政府賣國求榮

黑旗軍將士們日以繼夜地修建炮臺，阿妹送來了許多吃食犒勞他們，黃飛鴻提出要加入黑旗軍。

黑旗軍的高炮百發百中，把島上留守的日本軍隊打得是落花流水。但日本的支援部隊即將登島，黑旗軍兵力有限，劉永福請黃飛鴻教士兵們拳腳功夫，以備萬不得已之時和日本人肉搏拼命。

阿妹帶黃飛鴻去看他們部落的五色花，并給他講了關于五色花的傳說。原來五色花的由來是關于一對為愛情不顧生死的癡男怨女，阿妹說雖然他們最后雙雙殉情，但能和心愛的死在一起也是一種幸福，黃飛鴻不禁想到為他而死的岑慧慧(鐘楚曦 飾)。

黃麒英(呂良偉 飾)表面上在相親，其實這只是他自我麻痹的一種手段，他一直想念著黃飛鴻，甚至說出以后絕不會逼他去相親的話。這一切都被十三姨聽見，她心如刀割，對著大海訴說自己的相思之情。

牙擦蘇(鄔立朋 飾)實在看不下去十三姨整天失魂落魄，他拉著十三姨離開海邊，說要讓十三姨看到黃飛鴻的真實面目。牙擦蘇花錢雇來一個中年婦女裝成是黃飛鴻曾經的情人，為他生育了兒女后慘被黃飛鴻拋棄。牙擦蘇還買通賭坊的人幫他一起演戲，說黃飛鴻以十三姨的名義借了很多錢。原來黃飛鴻臨出海前和牙擦蘇說過，為了讓十三姨對他死心，黃飛鴻故意做出一副渣男的面目。一直堅信黃飛鴻人品的十三姨當場揭穿了牙擦蘇的謊話，大街人上的百姓都唾罵牙擦蘇欺騙十三姨，此時的牙擦蘇有苦說不出。豬肉榮(張殿倫 飾)見到牙擦蘇一臉的慘樣安慰他，結果反倒惹哭了牙擦蘇。

一八九五年五月，日本海軍對臺灣島大規模炮轟。五花部落的神樹被炮彈擊中了，劉永福正在派人補救，但神樹的樹身被炸了一個大洞，根本無法補救。阿妹說神樹是他們部落的保護神，現在神樹出了意外，代表著災難就要降臨。

因為當時阿妹信誓旦旦地保證神樹的安全，部落同胞們才讓黑旗軍在此建炮臺，現在神樹被毀，部落的首領——阿妹的哥哥決定根據族規處置阿妹。黃飛鴻帶人來救阿妹，卻被五花部落的成員們團團圍住，眼看兩邊就要產生惡斗。黃飛鴻只能說他愿意替阿妹去死，此時阿妹也當著族人的面表白黃飛鴻，她也愿意為了黃飛鴻放棄自己的生命。五花部落原本有個規定，相愛的男女如果愿意為對方去死，只要經受住了五花劍神的考驗，身中五箭還能保存性命的話，就會饒恕他們的罪過。

黃飛鴻挺身而出，愿意接受這五箭。阿妹提出要親手射箭，其實阿妹提前在她的箭頭上涂了五色花的汁液。無論是黑旗軍的士兵還是五花部落的成員，大家都被黃飛鴻的真情所感動，一起為他鼓氣。黃飛鴻在中了五箭后非但沒有喪命，還勉力站了起來，大家歡呼。

廣州府衙抓到一批日本間諜，在關進大牢前就對他們進行了搜身，但還是有不少間諜服毒自殺，十三姨懷疑他們是把毒藥藏在牙齒里，她來找牙擦蘇幫她把剩下的間諜的牙齒拔掉。

當他們來到關押間諜的大牢時，大牢門口聚集了不少群眾正在起哄要求殺了日本間諜。而大牢里的間諜竟然全死了，這時從聚眾的人群里悄悄走出一個人——櫻花夫人(金夢陽子 飾)。

櫻花夫人回到周氏醫館，卸下裝束露出真容，竟然是病態西醫柳華生(李浩軒 飾)。

劉永福帶著黑旗軍的將士們在臺灣誓死抵抗、浴血奮戰。而清政府卻派李鴻章和日本簽下了喪國辱權的馬關條約，割讓了臺灣、澎湖列島。這場戰爭還沒結束清政府就宣告投降，黑旗軍全軍上下士氣低落，劉永福為了鼓舞大家，發誓無論朝廷是什么態度，他們黑旗軍也會和日本人抵抗到底。