黃飛鴻(鄭愷 飾)返回中原找解藥阿妹拼死搏斗身先亡

沒有援兵，劉永福帶著僅存的將士們拼死抵抗，但兵力懸殊太大，五花部落的成員們帶著他們躲進(jìn)樹林里，準(zhǔn)備和日本軍隊(duì)打游擊戰(zhàn)。

桂向榮問黃飛鴻打完仗后他有什么安排，黃飛鴻想念黃麒英(呂良偉 飾)和十三姨。桂向彤勸黃飛鴻回廣州老家，并告訴他載鷙也很擔(dān)心他，其實(shí)當(dāng)時(shí)他從沙灘上救出黃飛鴻也是載鷙安排的。

日本人久攻五花部落一直未成功，于是偷偷在五花部落的溪水里下毒，大多數(shù)人都中毒了，渾身奇癢無比，嚴(yán)重的皮膚潰爛。

這時(shí)日本人用清水和解藥來引誘他們投降，并讓他們交出劉永福。有一些人無法忍受痛苦，沖上前去搶水喝，結(jié)果卻中毒身亡，原來日本人根本不在乎他們是否投降，他們的目的就是殺光島上的中國(guó)人，桂向彤等人氣憤急了，一怒之下殺了送水的日本人。

黃飛鴻配出解毒的藥方，但島上的藥材有限，還差幾味藥，黃飛鴻只能先試試。黃飛鴻的藥只能壓制一時(shí)的毒性，無法除根，大家的情況越來越嚴(yán)重越來越嚴(yán)重，連阿妹也中了毒。

黃飛鴻以身試毒，偷偷做了木筏，準(zhǔn)備潛回中原找解毒的藥材，卻被劉永福他們誤會(huì)他要私自逃回中原，阿妹的哥哥讓黃飛鴻帶著阿妹一起走，黃飛鴻卻告訴他他對(duì)阿妹不是男女之情，不能帶他一起。黃飛鴻告訴劉永福，他回中原就是為了找到解藥。解除誤會(huì)后，劉永福等人給黃飛鴻做了一個(gè)更大的木筏，親自送他離開。

福建總兵陳太川一心想找載鷙私自偷取佛心的把柄，好向老佛爺邀功，但載鷙心思縝密，滴水不漏，陳太川每次都是無功而返。帶著老佛爺?shù)闹噶顏肀O(jiān)視載鷙，沒占到便宜，來查佛心

黃飛鴻來到福建的睿親王府尋求幫助，沒想到睿親王竟然是載鷙，他質(zhì)問載鷙為了一己私欲害死了眾多的無辜將士。載鷙給黃飛鴻看自己的用佛心換來的戰(zhàn)艦——克復(fù)號(hào)，并告訴了黃飛鴻自己想振興大清的計(jì)劃。黃飛鴻越來越看不懂他了，總是用錯(cuò)誤的手段做一些看似正確的事。載鷙解釋自己身在其位，行事必須要耍一些手段。雖然無法認(rèn)同載鷙的行事手段，但載鷙所做之事都是為了國(guó)家的未來，黃飛鴻原諒了載鷙，請(qǐng)載鷙幫忙尋找解藥。

黃飛鴻在載鷙去找解藥之時(shí)，偷偷拿走了他的印章。后來載鷙才知道黃飛鴻帶著解藥和他的印章私自出海，載鷙急忙帶著人去海邊阻止黃飛鴻出海。

正愁抓不到載鷙把柄的陳太川發(fā)現(xiàn)黃飛鴻用載鷙的印章私自出海，下令用炮彈擊沉黃飛鴻的船，并想通過此事大做文章，向老佛爺告狀。載鷙及時(shí)趕到，當(dāng)眾殺了陳太川，放走了黃飛鴻。

日本人再次對(duì)五花部落進(jìn)行了強(qiáng)攻，黑旗軍和部落成員齊心協(xié)力，奮死搏斗，結(jié)果因兵力懸殊全軍覆沒。當(dāng)黃飛鴻帶著解藥趕到時(shí)，已是一片狼藉，阿妹臨終前問黃飛鴻到底有沒有愛過她，黃飛鴻卻不知如何說出口，阿妹最終含淚死在黃飛鴻懷里。

載鷙殺了陳太川后，給他扣了個(gè)通敵賣國(guó)的罪名上報(bào)給老佛爺，原以為事情就這樣被隱瞞住了。誰知櫻花夫人(金夢(mèng)陽子 飾)手下有一名間諜長(zhǎng)期潛伏在清政府的朝廷里，把載鷙偷取佛心，私自殺死陳太川的事上報(bào)給老佛爺。老佛爺下旨把載鷙革職查辦，并把他關(guān)進(jìn)了刑部大牢。